Mengapa AS Tidak Mendeteksi Kasus Omicron Lebih Cepat?
Science

Mengapa AS Tidak Mendeteksi Kasus Omicron Lebih Cepat?

Jumat lalu, hanya sehari setelah ilmuwan Afrika Selatan pertama kali mengumumkan penemuan varian Omicron, Eropa melaporkan kasus pertamanya: Varian virus corona baru ada di Belgia. Sebelum akhir pekan berakhir, Australia, Inggris, Kanada, Denmark, Jerman, Israel, Italia, dan negara-negara lain semuanya telah menemukan kasus.

Namun di Amerika Serikat, para ilmuwan terus mencari.

“Jika kita mulai melihat varian bermunculan di beberapa negara di seluruh dunia, biasanya intuisi saya adalah bahwa itu sudah ada di sini,” kata Taj Azarian, ahli epidemiologi genom di University of Central Florida.

Pada hari Rabu, pejabat Amerika mengumumkan bahwa para ilmuwan telah menemukannya – pada seorang pasien California yang baru saja kembali dari Afrika Selatan. Saat itu, Kanada telah mengidentifikasi enam kasus; Inggris telah menemukan lebih dari selusin.

Amerika Serikat mengidentifikasi dua kasus lagi, di Minnesota dan Colorado, pada hari Kamis, memperjelas bahwa lebih banyak lagi yang hampir pasti mengintai, kata para ilmuwan. Mengapa varian tidak terdeteksi lebih awal?

Beberapa faktor mungkin berperan, termasuk pola perjalanan dan persyaratan masuk yang ketat yang mungkin telah menunda pengenalan varian ke Amerika Serikat. Tetapi titik buta dan keterlambatan dalam sistem pengawasan genomik negara itu mungkin menjadi faktor juga, kata para ahli. Dengan banyaknya laboratorium yang sekarang melakukan pencarian yang ditargetkan untuk varian tersebut, kecepatan deteksi dapat meningkat dengan cepat.

Sejak awal pandemi, para ilmuwan telah mengurutkan materi genetik dari sampel virus, sebuah proses yang memungkinkan mereka menemukan mutasi baru dan mengidentifikasi varian tertentu. Ketika dilakukan secara rutin dan dalam skala besar, pengurutan juga memungkinkan peneliti dan pejabat untuk mengawasi bagaimana virus berkembang dan menyebar.

Di Amerika Serikat, pengawasan genomik luas semacam ini dimulai dengan sangat lambat. Sementara Inggris dengan cepat memanfaatkan sistem perawatan kesehatan nasionalnya untuk meluncurkan program pengurutan intensif, upaya pengurutan awal di Amerika Serikat, terutama yang berbasis di laboratorium universitas, lebih terbatas dan bersifat ad hoc.

Bahkan setelah CDC meluncurkan konsorsium pengurutan pada Mei 2020, upaya pengurutan terhalang oleh sistem perawatan kesehatan yang terfragmentasi, kurangnya dana, dan tantangan lainnya.

Pada bulan Januari, ketika kasus melonjak, Amerika Serikat mengurutkan kurang dari 3.000 sampel seminggu, menurut dasbor CDC, jauh kurang dari 1 persen dari kasus yang dilaporkan. (Para ahli merekomendasikan pengurutan setidaknya 5 persen kasus.)

Tetapi dalam beberapa bulan terakhir, situasinya telah meningkat secara dramatis, berkat kombinasi kepemimpinan federal baru, suntikan dana dan meningkatnya kekhawatiran tentang munculnya dan penyebaran varian baru, kata para ahli.

“Pengawasan genomik benar-benar telah diterapkan di AS, dan ini sangat bagus,” kata Dana Crawford, ahli epidemiologi genetik di Case Western Reserve University.

Negara ini sekarang mengurutkan sekitar 80.000 sampel virus seminggu dan 14 persen dari semua tes PCR positif, Dr. Rochelle P. Walensky, direktur Pusat Pengendalian dan Pencegahan Penyakit, mengatakan pada pengarahan Gedung Putih pada hari Selasa.

Masalahnya adalah prosesnya memakan waktu, terutama jika dilakukan dalam volume. Proses pengurutan CDC sendiri biasanya memakan waktu sekitar 10 hari untuk diselesaikan setelah menerima spesimen.

“Kami memiliki pengawasan yang sangat baik dalam hal kuantitas,” kata Trevor Bedford, pakar evolusi dan pengawasan virus di Pusat Penelitian Kanker Fred Hutchinson di Seattle. Dia menambahkan, “Tetapi secara alami, itu tertinggal dibandingkan dengan pelaporan kasus Anda. Jadi kita akan melihat dengan baik hal-hal dari dua minggu lalu.”

Penundaan semacam ini tidak jarang terjadi di negara-negara yang memiliki banyak sampel untuk diurutkan, kata Dr. Bedford.

Di beberapa negara bagian, waktunya bahkan lebih lama. Departemen Kesehatan Ohio mencatat bahwa, dari awal hingga akhir, proses “mengumpulkan sampel, mengujinya, mengurutkannya, dan melaporkannya dapat memakan waktu minimal 3-4 minggu.”

Tapi sekarang para ilmuwan tahu apa yang mereka cari, mereka harus dapat mempercepat proses dengan memprioritaskan sampel yang tampaknya paling mungkin Omicron, kata para ilmuwan.

Dalam sedikit keberuntungan, Omicron menghasilkan sinyal genetik yang berbeda pada tes PCR dari varian Delta, yang saat ini menyumbang pada dasarnya semua kasus virus corona di Amerika Serikat. (Singkatnya, mutasi pada gen lonjakan varian baru berarti bahwa sampel Omicron diuji negatif untuk gen tersebut, sementara pengujian positif untuk gen tanda yang berbeda.)

Banyak laboratorium sekarang mempercepat sampel ini, serta sampel dari orang-orang yang baru saja kembali dari luar negeri, untuk diurutkan.

“Semua lembaga yang terlibat dengan pengawasan genomik memprioritaskan kasus-kasus terkait perjalanan baru-baru ini,” kata Dr. Azaria.

Itu mungkin bagaimana kasus California ditandai begitu cepat. Pasien kembali dari Afrika Selatan pada 22 November dan mulai merasa sakit pada 25 November. Orang tersebut dinyatakan positif terkena virus pada hari Senin dan para ilmuwan kemudian mengurutkan virus tersebut, mengumumkan bahwa mereka telah mendeteksi Omicron dua hari kemudian.

“Perputaran cepat oleh sistem pengawasan genomik AS adalah contoh lain betapa jauh lebih baik sistem kami selama beberapa bulan terakhir,” kata Dr. Crawford.

Meskipun pengawasan telah meningkat, masih ada celah yang dapat memperlambat deteksi lebih banyak kasus di Amerika Serikat, termasuk variasi geografis yang sangat besar.

“Beberapa negara bagian tertinggal,” kata Massimo Caputi, ahli virologi molekuler di Florida Atlantic University School of Medicine.

Selama 90 hari terakhir, misalnya, Vermont telah mengurutkan dan membagikan sekitar 30 persen kasus virusnya dan Massachusetts telah mengurutkan sekitar 20 persen, menurut GISAID, database internasional genom virus. Enam negara bagian, di sisi lain – Kentucky, Pennsylvania, Ohio, Carolina Selatan, Alabama dan Oklahoma – masing-masing telah mengurutkan dan melaporkan kurang dari 3 persen kasus mereka, menurut GISAID.

Selain itu, para ilmuwan hanya dapat mengurutkan sampel dari kasus yang terdeteksi, dan Amerika Serikat sering kesulitan melakukan pengujian yang cukup.

“Pengujian adalah bagian terlemah dari respons pandemi kami,” kata Dr Eric Topol, pendiri dan direktur Scripps Research Translational Institute di La Jolla, California. “Sudah sejak hari pertama.”

Meskipun pengujian, seperti pengawasan genom, telah jauh meningkat sejak awal pandemi, itu masih sangat tidak merata. Dan meskipun pengujian cepat di rumah memiliki banyak keuntungan, pergeseran beberapa pengujian dari laboratorium ke rumah dapat menghadirkan tantangan baru untuk pengawasan.

“Dengan meningkatnya tes diagnostik cepat di rumah, jika itu tidak ditindaklanjuti dengan, seperti, tes PCR, kasus-kasus itu tidak akan diurutkan,” kata Joseph Fauver, ahli epidemiologi genom di Pusat Medis Universitas Nebraska. Masalahnya bukan tidak dapat diatasi, tambahnya, tetapi “mungkin ada titik buta kecil di sana.”

Ada alasan lain yang lebih optimis bahwa para ilmuwan belum mendeteksi lebih banyak kasus, meskipun itu tetap teoretis.

“Mungkin pasien yang terinfeksi memiliki gejala ringan, dan karenanya tidak diuji dan tidak tunduk pada pengawasan genomik,” kata Janet Robishaw, dekan senior untuk penelitian di Florida Atlantic University College of Medicine.

(Masih terlalu dini untuk mengetahui apakah Omicron menyebabkan penyakit yang lebih parah atau lebih ringan daripada varian lainnya, para ilmuwan menekankan. Bahkan jika kasusnya sangat ringan, yang belum jelas, itu bisa jadi karena varian tersebut sebagian besar telah menginfeksi orang muda atau yang divaksinasi sejauh ini, yang cenderung tidak mengembangkan penyakit parah.)

Kemungkinan juga penyebaran varian tersebut belum banyak dilakukan masyarakat di Amerika Serikat. Jika sebagian besar kasusnya terisolasi, dan terkait dengan perjalanan ke luar negeri, mereka bisa terbang di bawah radar pengawasan.

“Kami seperti mencari jarum di tumpukan jerami jika kami hanya mencari satu kasus yang tidak terkait,” kata Dr. Azaria.

Meski belum jelas dari mana Omicron muncul, wabah pertama terdeteksi di Afrika Selatan, di mana variannya kini tersebar luas.

Ada lebih sedikit penerbangan antara Afrika bagian selatan dan Amerika Serikat daripada antara wilayah itu dan Eropa, di mana kasus Omicron awal lainnya terdeteksi, kata Dr. Caputi.

Dan hingga awal November, Amerika Serikat telah melarang pelancong internasional dari Uni Eropa dan Afrika Selatan, katanya. Bahkan ketika pejabat mencabut larangan tersebut, para pelancong dari lokasi tersebut masih diminta untuk memberikan bukti vaksinasi dan tes Covid-19 negatif baru-baru ini. Langkah-langkah ini mungkin telah menunda kedatangan Omicron.

“Bisa dibayangkan bahwa penyebaran Omicron tertinggal di AS,” kata Dr. Caputi dalam email.

Either way, tambahnya, dia mengharapkan para ilmuwan untuk menemukan lebih banyak kasus segera.

Posted By : pengeluaran hk 2021